晴朗時節，江戶川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團的伙伴們一同來到京都，他們即將登上自衛隊的宙斯盾戰艦，體驗一把出海作戰的感覺，期間還結識了美麗又有著幾分神秘的女自衛隊員藤井七海（柴咲幸 配音）。誰知快樂的氛圍很快被恐慌所替代，戰艦上突然發現一條斷掉的手臂，消失的自衛隊員又引起軍方的恐慌與猜測。原來某國神秘間諜X已悄悄登上宙斯盾，伺機盜取戰艦...

殘酷的地下格斗繼續進行著。...